Funkcjonalna endoskopowa operacja zatok przynosowych jest wskazana w przewlekłym zapaleniu zatok. Polega na usunięciu z nosa, komórek sitowych, zatok szczękowych, czołowych i klinowych polipów, tkanek zapalnych, nieprawidłowych przegród kostnych, odblokowaniu ujść naturalnych zatok, wypłukaniu zatok i usunięciu patologicznej wydzieliny (ropy, mas grzybiczych, treści zastoinowej). Można jednoczasowo wykonać wyprostowanie przegrody nosa i zmniejszyć małżowiny nosowe dolne, o ile jest to konieczne. Zabieg przeprowadza się wyłącznie w znieczuleniu ogólnym. Endoskopowa operacja zatok przynosowych jest zabiegiem złożonym i składa się z kilku etapów. Należy pamiętać, że operacja przywraca drożność nosa, poprawia wentylację zatok przynosowych i węch (o ile brak węchu nie trwał latami), pozwala na złagodzenie zatoko-pochodnych bólów głowy, ale nie zabezpiecza przed odrostem polipów w przypadku alergii. Nie jest też skuteczna w przypadku przewlekłego ściekania wydzieliny po tylnej ścianie gardła.